El Colegio Madrid es fundado con fondos de la JARE (Junta de auxilio a los Refugiados Españoles) y recibe un subsidio de ella a través de la CAFARE. Algunos padres de familia al mejorar su situación aportan una cuota voluntaria, a pesar de esto se va disminuyendo el subsidio. El Colegio sigue siendo propiedad del Gobierno de la República en el exilio y en su diario oficial aparece el reglamento del Colegio.

En 1945 finaliza la I Guerra Mundial, desaparece la CAFARE y todos los valores que custodia, entre ellos el Colegio Madrid son entregados en fideicomiso a la Nacional Financiera S.A.

El 17 de marzo de 1947 se establece un fideicomiso en el que se indica que la Institución solo se puede dedicar a la educación, la escuela se debe mantener a si misma y si esto no fuera posible, se enajenarían los bienes y su producto se entregaría al gobierno republicano español o al que reconociera México en el caso de que este desapareciera.

El fideicomiso se firma en 1949 y se designa un Comité Técnico compuesto por 7 miembros, 2 de ellos siempre de nacionalidad mexicana y la designación la tiene que ratificar la Secretaría de Relaciones Exteriores, se establece una duración de 30 años.

Como presidente de este comité conocido en el Colegio como “el patronato”, queda el científico José Giral, como secretario Ramón Ruíz Rebollo además de Bernardo Giner de los Ríos, Mariano Ruíz Funes, Antonio Ma. Sbert, y los mexicanos Manuel Martínez Báez y Jesús Silva Herzog.

1979 es el año en que finiquita el fideicomiso con la Nacional Financiera, y desde casi 10 años antes, se percibe en España una relajación de la dictadura y una posible vuelta a la democracia con un régimen monárquico, lo cual quizás modificaría las relaciones gubernamentales entre México y España.

Ante el peligro de que el Colegio Madrid y sus bienes revirtieran al gobierno español, el Comité Técnico discute diferentes posibilidades que consultan a la Secretaría de Relaciones Exteriores. Gracias a las gestiones de los dos miembros mexicanos del Comité: Jorge Tamayo y Jesús Silva- Herzog, el gobierno mexicano establece que para legalizar la continuación de la Institución, se forme una institución nacional, para ello es necesario: obtener el permiso del Gobierno Español en el Exilio, liquidar el patrimonio fiduciario existente, transformar en dinero los bienes raíces administrados por el fideicomiso y con esto crear un nuevo fideicomiso que transmitirá los bienes a la Asociación Civil Colegio Madrid que se crea para ese efecto el 10 de diciembre se 1973, con un capital de 100 mil pesos y con una duración de 99 años prorrogables indefinidamente.

En 1974 el Gobierno de la República le cede al Colegio Madrid A. C, los derechos correspondientes, con la salvedad de que en caso de que esta sociedad desaparezca, los bienes deben regresar al gobierno mexicano y que deberá destinar a una organización o fundación con fines educativos.

De los socios fundadores de la nueva asociación civil, los primeros 9 corresponden a los miembros del Comité Técnico: Diego Castillo Iglesias, Ma. Luisa Castro de Barnés, Francisco Giral, Manuel Martínez Báez, Carmen Meda Arredondo, Eugenio Muñoz Mena, Antonio Ma. Sbert, Jesús Silva Herzog y Jorge L. Tamayo. Además entran como socios fundadores: Pedro Bosch Gimpera, Palma Guillén de Nicolau , José Puche Alvar, Jorge Tamayo López Portillo y Ramón Xirau. Entre ellos se elige la Primera Junta de Gobierno, con duración de tres años hasta la convocatoria del la primera Asamblea de Socios, instancia rectora de la Asociación Civil Colegio Madrid A.C.

En la actualidad la Asamblea de socios puede tener hasta 40 integrantes, de los cuales elige nueve para formar la Junta de Gobierno, sus miembros votan entre sí los puestos de presidente, vicepresidente, secretario y vocales.

En el año 2008, se crean tres comisiones emanadas de la Asamblea de Socios para ayudar a la gobernabilidad de la Institución estas son: Académica , Administrativa y de Vigilancia y Vinculación.