El Colegio Madrid fue fundado en la Ciudad de México en 1941 por el gobierno de la Segunda República Española en el exilio para atender a la niñez proveniente de la guerra civil. Con el decidido respaldo del gobierno mexicano, bajo el influjo del cardenismo, los maestros y directivos de la educación de la Segunda República (19311939) crearon e impulsaron un proyecto educativo que daría lugar a una institución para el alumnado del exilio y mexicano.

El proyecto pedagógico original del Colegio Madrid se basó en los valores republicanos de justicia, equidad y democracia, y tuvo como antecedentes directos las ideas de la Escuela Nueva, así como de la Institución Libre de Enseñanza y el Instituto Escuela, centros educativos emblemáticos y de vanguardia de fines del siglo XIX y principios del XX en España. En el ideario republicano destacan el reconocimiento de la educación centrada en el alumno y una formación liberal, en sus dimensiones política y social, estrictamente laica y orientada hacia la comprensión científica y humanista del mundo. En la educación republicana también resalta el respeto al maestro y a su trabajo, quien tiene un carácter crucial en la tarea educativa.

Las primeras dos décadas del Colegio Madrid se desarrollaron dentro de un ambiente político y educativo propicio para su crecimiento e institucionalización. Así, el Colegio enriqueció su proyecto con la entrada de maestros, trabajadores y alumnos mexicanos, construyendo una nueva realidad como institución educativa mexicana, heredera del exilio español. En términos de expansión y diversificación es importante destacar que el proyecto educativo fue fortalecido con la creación de los estudios de secundaria en 1950 y los de bachillerato en 1953.

En los años sesenta y setenta el Colegio se convirtió en un lugar de innovación educativa al adaptar su proyecto original a los nuevos tiempos, incorporando nuevas tendencias didácticas siempre con el alumno como eje de su labor. Para entonces la planta docente ya iniciaba su segunda generación y una parte importante estaba integrada por exalumnos destacados.